Nước vận động trong lưu vực sông và không theo đơn vị hành chính. Mọi hoạt động khai thác sử dụng tài nguyên nước cũng như các tác động của nó đều diễn ra trên quy mô cả lưu vực chứ không chỉ ở một đơn vị hành chính nào đó trong lưu vực. Do đó phải quản lý tổng hợp tài nguyên nước theo lưu vực sông. Việc thực hiện quản lý tài nguyên nước theo lưu vực sông đòi hỏi phải thành lập trên lưu vực tổ chức điều phối lưu vực sông. Tổ chức này điều hành tất cả các hoạt động có liên quan đến sử dụng nước và bảo vệ môi trường lưu vực sông. Tổ chức điều phối lưu vực sông là Ủy ban lưu vực sông, Văn phòng lưu vực sông có nhiệm vụ giúp Ủy ban lưu vực sông thực hiện chức năng được giao
Quản lý tổng hợp tài nguyên nước và công tác quy hoạch lưu vực sông là một quá trình linh hoạt và mềm dẻo nhằm giải quyết các vấn đề nảy sinh do hoàn cảnh và điều kiện của từng lưu vực sông, của từng giai đoạn phát triển. Do đó Ủy ban lưu vực sông phải có hình thức tổ chức phù hợp với điều kiện và bối cảnh của từng lưu vực sông. Tức là ứng với tình hình thực tế tại lưu vực sông, yêu cầu quản lý trong từng thời kỳ để lựa chọn chức năng chính, cần thiết thực hiện trước của Ủy ban lưu vực sông. Thực tế tại các lưu vực sông ở Việt Nam hiện nay, các Ủy ban lưu vực sông cần thực hiện chức năng quy hoạch quản lý lưu vực sông và bổ sung, điều chỉnh quy hoạch này trong quá trình thực hiện; giám sát, điều phối hoạt động của các Bộ ngành, địa phương liên quan trong việc thực hiện quy hoạch sông; đề xuất ban hành các chính sách, kiến nghị các giải pháp về bảo vệ môi trường nước, khai thác, sử dụng và phát triển tài nguyên nước, phòng, chống và giảm thiểu tác hại do nước gây ra trên lưu vực sông. Từ chức năng có thể xác định nhiệm vụ của Ủy ban lưu vực sông trong quy hoạch và quản lý nguồn nước của lưu vực sông. Nhiệm vụ của Ủy ban lưu vực sông không trùng lặp với nhiệm vụ của các tổ chức khác trên lưu vực sông, như nhiệm vụ quản lý nước của hệ thống quản lý nước hiện hành của các tỉnh, nhiệm vụ của các tổ chức như Ủy ban môi trường lưu vực sông….
Hiện tại ở nước ta đã phân cấp cho hệ thống quản lý nước theo địa giới hành chính, nhưng việc bao quát và giải quyết các vấn đề trên toàn bộ lưu vực sông cả về số lượng và chất lượng thì gần như chưa có ai chịu trách nhiệm. Do đó các Ủy ban lưu vực sông cần có quyền hạn nhất định để giải quyết vấn đề trên trong một lưu vực. Tùy theo chức năng, nhiệm vụ cần giải quyết trên một lưu vực sông, Ủy ban lưu vực sông có quyền hạn tương xứng. Với các lưu vực sông lớn, liên tỉnh, Ủy ban lưu vực sông có quyền hạn lớn hơn so với Ủy ban lưu vực sông của các lưu vực sông nội tỉnh. Các ủy ban lưu vực sông nội tỉnh như là một tổ chức tư vấn đóng góp các ý kiến về quản lý lưu vực sông cho các cấp chính quyền, không tham gia bất kỳ các hoạt động quản lý nước cụ thể nào.
Ủy ban lưu vực sông được coi là diễn đàn của người sử dụng nước vì lợi ích chính người sử dụng nước. Do đó Ủy ban lưu vực sông cần có sự tham gia của tất cả các thành phần liên quan đến quản lý nước và phải có đầy đủ cơ chế cho thực hiện sự tham gia này. Với tính chất là diễn đàn để tất cả các bên liên quan trao đổi, thảo luận, giải quyết tranh chấp và tìm tiếng nói chung trong quản lý và bảo vệ tài nguyên nước nên thành phần Ủy ban lưu vực sông gồm đại diện của nhà nước hoặc cơ quan chức năng, đại diện của các tỉnh, đại diện của người dùng nước. Trong đó đại diện các tỉnh, thành phố và đại diện người dùng nước chiếm đa số trong Ủy ban. Thành phần Ủy ban lưu vực gồm:
 40% thành phần đầu tiên bao gồm đại diện các tỉnh, thành phố và các quận huyện của Lưu vực sông.
 40% thành phần thứ hai bao gồm đại điện người dùng nước, các tổ chức xã hội – nghề nghiệp, các hiệp hội pháp lý bảo vệ môi trường và người tiêu dùng.
 20% thành phần còn lại bao gồm đại diện của Nhà nước và các cơ quan chức năng liên quan.
Văn phòng lưu vực sông là tổ chức nhà nước ở quy mô lưu vực, tổ chức này thực thi những quyết định của Ủy ban lưu vực sông. Văn phòng nước có một số quyền tự chủ về quản trị và tài chính. Văn phòng lưu vực sông thực hiện 3 hành động gồm:
 Thông qua việc thu phí sẽ hạn chế ô nhiễm, khai thác cạn kiệt, sử dụng nước hiệu quả và tiết kiệm,
 Thông qua việc giảm các loại phí tỷ lệ với hiệu quả của các công trình xử lý nước thải sẽ thúc đẩy các tổ chức, cá nhân lắp đặt thiết bị, vận hành các công trình xử lý nước thải,
 Thông qua việc đóng góp, hỗ trợ về tài chính sẽ thúc đẩy triển khai xây dựng các công trình nhằm giảm lượng tiêu thụ, xử lý ô nhiễm hoặc phục hồi các dòng sông.
Về cơ chế tài chính: Văn phòng lưu vực sông thu các loại phí và các loại phí này sẽ được phân bổ lại cho người sử dụng nước dưới hình thức trợ cấp hoặc cho vay để triển khai các dự án nhằm giảm chất thải ô nhiễm, ngăn ngừa ô nhiễm, bảo tồn và quản lý tài nguyên nước cả về chất lượng và số lượng, đảm bảo cấp nước và thoát nước thải. Như vậy thực ra giải pháp thúc đẩy tài chính của văn phòng nước là đồng thời với việc thu phí của đối tượng gây ô nhiễm và khai thác sử dụng nước thì các đối tượng bảo vệ tài nguyên, xử lý nước thải sẽ được hỗ trợ vốn như cho vay vốn, hỗ trợ không hoàn lại. Điều này giúp hạn chế các hoạt động gây ô nhiễm nguồn nước, sử dụng lãng phí nguồn nước và thúc đẩy các hoạt động bảo vệ, sử dụng hiệu quả nguồn nước. Hay nói cách khác, sự đoàn kết của người sử dụng nước trong cùng một lưu vực sông giúp bảo vệ và sử dụng hiệu quả tài nguyên nước trong lưu vực sông đó. Có thể khái quát hệ thống thúc đẩy tài chính như biểu đồ sau: